< Meer nieuws

Syndromale RT-PCR voor lage luchtweginfecties (Uitgebreid respiratoir PCR panel)

28.01.2019

Vanaf 28/1/2019 wordt de uitgebreide respiratoire multiplex PCR volledig in routine genomen.

Alle info betreffende deze test kan u hieronder terugvinden.

 

- Beperkt respiratoir panel: bevat de meest voorkomende virale en atypische respiratoire pathogenen, kent een analysetijd van slechts enkele uren en kan dringend worden aangevraagd.
- Uitgebreid respiratoir panel: bevat 32 pathogenen en kan niet dringend worden aangevraagd (antwoordtijd <24h, zie testfiche).

 

Aanbevolen gebruik:

Gevoelige, PCR-gebaseerde detectiemethode van 32 targetpathogenen als hulpmiddel bij de evaluatie van een vermoeden van een lage luchtweginfectie bij ernstig zieke, beademde of immuungecompromitteerde patiënten. De pathogenenlijst omvat:

 

Bacteriën:

Bordetella spp.

Chlamydophila pneumoniae

Haemophilus influenzae B

Haemophilus influenzae

Klebsiella pneumoniae

Legionella pneumophila/longbeachae

Moraxella catarrhalis

Mycoplasma pneumoniae

Staphylococcus aureus

Streptococcus pneumoniae

 

Virussen:

Adenovirus

Bocavirus

Coronavirus NL63

Coronavirus 229E

Coronavirus OC43

Coronavirus HKU1

Enterovirus

Humaan metapneumovirus A/B

Influenza A virus

Influenza B virus

Influenza C virus

Influenza A(H1N1)-swl virus (het varkensvirus van de 2009 pandemie)

Parainfluenzavirus 1

Parainfluenzavirus 2

Parainfluenzavirus 3

Parainfluenzavirus 4

Parechovirus

Respiratoir syncytiaal virus A/B

Rhinovirus

 

Fungi:

Pneumocystis jirovecii

 

Methode:

Semi-kwantitatieve Real-Time PCR.

 

Stalen:

De analyse kan gebeuren op respiratoire stalen, bij voorkeur op BAL-vocht.

Nasofaryngeale aspiraat, bronchusaspiraat, nasofaryngeale wisser (eSwab) of sputum worden ook aanvaard.

 

Verzendinstructies:

De stalen dienen zo snel mogelijk na afname op het labo aan te komen.

 

Indien vertraagde transporttijd verwacht wordt, bewaren bij 4°C tot transport (staal is 3 dagen stabiel bij 4°C). Indien de bewaring voor transport langer duurt, bewaren bij -20°C.

 

Minimale hoeveelheid staal:

1 wisser of steriel potje met schroefdop.  

Minstens 1 mL staal nodig voor analyse.

 

Aan te vragen test:

In HiX kan de test aangevraagd worden als “Uitgebreid respiratoir PCR panel” (onder tabblad moleculaire microbiologie, via Laboratorium of Urine en overige materialen).

 

Ter info: naast dit uitgebreid panel blijft ook het “Basis respiratoir PCR panel” beschikbaar. Dit panel bevat de voornaamste virale pathogenen en de atypische verwekkers van pneumonie. Het basispanel heeft een veel kortere antwoordtijd dan het uitgebreid panel en kan dringend uitgevoerd worden.

 

Antwoordtijd:

 < 24h indien de dag nadien een normale werkdag is.

Op de eerstvolgende werkdag indien de dag na aanvraagdatum een weekend of feestdag is.

De test kan niet urgent worden uitgevoerd.

 

Klinische informatie:

Het uitgebreide respiratoir panel bevat de meest voorkomende pathogenen betrokken bij ernstige pneumonie. Het is het meest geschikte panel bij ernstig verlopende pneumonie, nosocomiale pneumonie, ventilator geassocieerde pneumonie en pneumonie bij immuungecompromitteerde patiënten.

 

Het PCR resultaat wordt op vier verschillende manieren geantwoord:

- ‘niet detecteerbaar’

- ‘zwak positief’ (Ct 30-40)

- ‘positief’ (Ct 20-30)

- ‘sterk positief’ (Ct < 20).

  

Een positief resultaat duidt op de aanwezigheid van het geteste pathogeen. Wanneer de geteste parameter niet gedetecteerd wordt, betekent dit echter niet dat het pathogeen geen oorzaak kan zijn van infectie. Vals negatieve resultaten kunnen voorkomen bij een hoeveelheid pathogeen onder de detectielimiet van de test (zie verder), bij inhibitie van de PCR door interfererende stoffen in het staal of bij primer mismatch.

 

Resultaten moeten altijd geïnterpreteerd worden in het licht van de kliniek en anamnese. Er dient ook steeds rekening gehouden te worden met bijkomende laboratoriuminformatie en de epidemologische achtergrond.

 

Nuttige bijkomende info:

- Dit panel bevat niet alle mogelijke oorzaken van (ernstige) pneumonie. Aspergillus fumigatus, mazelen, bof, CMV, HSV… kunnen bij immuungecompromitteerde patiënten ook belangrijk zijn.

- Deze PCR kan geen onderscheid maken tussen Metapneumovirus type A en B, tussen RSV type A en B en tussen L. pneumophila, L. longbeachae, L. worsleiensis, L. bozemanii en L. fairfieldensis (deze laatste is niet-pathogeen).

- De Bordetella spp. assay detecteert B. pertussis (100%), maar kan ook andere pathogene species oppikken zoals B. holmesii en B. bronchiseptica. De tevens pathogene B. parapertussis wordt evenwel niet gedetecteerd door deze assay.

- De K. pneumoniae assay detecteert ook de minder frequent voorkomende K. variicola.

 

Terugbetaling:

 Er is geen terugbetaling voor dit panel, de kostprijs (75 euro) wordt doorgerekend aan de patiënt.

Voor deze PCR is dus een informed consent van de patiënt noodzakelijk.

 

Analytische sensitiviteit (detectielimiet):

 De detectielimiet voor de verschillende geanalyseerde parameters is:

 

Virussen

Influenza A                                           10.000 copies/mL

Influenza A H1N1                                 10.000 copies/mL

Influenza B                                           10.000 cop/mL

Influenza C                                           10 copies/mL

Parainfluenza Type 1                            1.000 copies/mL

Parainfluenza Type 2                            1.000 copies/mL

Parainfluenza Type 3                            1.000 copies/mL

Parainfluenza Type 4                            100.000 copies/mL

Coronavirus NL63                                 1.000 copies/mL

Coronavirus 229E                                 10.000 copies/mL

Coronavirus OC42                                 1.000 copies/mL

Coronavirus HKU1                                 10.000 copies/mL

Humaan Metapneumovirus A/B             100 copies/mL

RSV - A/B                                              10.000 copies/mL

Adenovirussen                                       10.000 copies/mL

Rhinovirus                                             1.000 copies/mL

Enterovirus                                            10.000 copies/mL

Parechovirus                                         10.000 copies/mL

Bocavirus                                              1.000 copies/mL

 

Bacteriën

Mycoplasma pneumoniae                      1.000 copies/mL

Chlamydophila pneumoniae                  4.000 copies/mL

Streptococcus pneumoniae                    4.000 copies/mL

Haemophilus influenzae                         10 copies/mL

Haemophilus influenzae type B               8.000 copies/mL

Staphylococcus aureus                           2.000 copies/mL

Moraxella catarrhalis                              1.000 copies/mL

Bordetella species                                  10 copies/mL

Klebsiella pneumoniae                            1.000 copies/mL

Legionella pneumophila/longbeachae     100.000 copies/mL

 

Schimmels

Pneumocystis jirovecii                            10.000 copies/mL

 

Verantwoordelijk klinisch bioloog:

 Dr. Steven Vervaeke

 

 

Steven Vervaeke


< Meer nieuws